脫硫塔是系統的核心，氣流在塔內過塔高度15m，在塔內停留時間7秒。濕法煙氣脫硫效率由塔的傳質能力決定，與液氣二相在塔內接觸程度相關。在塔內，SO₂被水吸收，成為亞硫酸（氧化后為硫酸），再與堿性物（或二性物）反應生成亞硫酸鹽及硫酸鹽。石灰石脫硫主要產物是石膏。其和反應為：

SO₂的吸收：         SO₂ (g) ↔ SO₂ (aq)

SO₂ (aq) + H₂O ↔ H⁺ + HSO₃^-

HSO^3- ↔ H⁺ + SO3^2-

HSO₃的氧化          HSO^3- + ½O₂ ↔ H⁺ + SO4^2-

H⁺ + SO4^2- ↔ HSO^4-

固體CaCO₃的離解        CaCO₃  ↔ CaCO₃ (aq)

Ca(OH)₂ (aq) ↔ Ca²⁺ +2OH^-

中和反應                 OH^- + H⁺ ↔ H₂O (aq)

（有水生成，無CO2放出）

結晶反應            Ca²⁺ +SO₄^2- + 2H₂O ↔ CaSO₄·2H₂O(s)